综合办公室是银河总站3868的综合性管理部门，主要工作职能包括所务综合协调、日常所务管理、信息宣传管理、档案管理、网络信息服务、保密管理、科普管理等。
党群工作部是所党委、纪委直接领导下的综合办事机构，围绕研究所科研创新中心工作开展党的组织建设、宣传教育、创新文化建设、党风廉政建设和群团、统战工作
围绕“四个面向“，在所长办公会、党委办公会、所学术委员会领导下，负责研究所科研战略规划的制定、组织实施和过程管理、开展评估与总结，全面提升研究所科技创新实力、竞争力和影响力。
人力资源部致力于为全所职工提供优质高效的服务，为研究所当前和未来可持续发展及职工个人职业发展提供强有力的人力资源保障。
财务资产部主要负责银河总站3868财务、资产和大型科研仪器设备开放共享管理。
